En Fuerteventura podemos encontrar al burro majorero, que es el único équido del archipiélago canario. Introducido en las islas por los conquistadores desde el continente africano. Se tienen datos de la especie en Canarias a partir de 1450, justamente tras la Conquista de las Islas. Tiene entre sus características físicas la raya de mulo, la banda crucial o las zebraduras de las patas, indicando su ascendencia africana (Equus asinus africanus).

Adaptados perfectamente al clima con elevadas temperaturas a lo largo de todo el año y escasas lluvias, y a la orografía de la isla con suelos desérticos y volcánicos. Empleados en tareas del campo y para el transporte son longevos y resistentes a condiciones duras, de gran utilidad para la agricultura. Su número ha ido disminuyendo de forma drástica, hasta el punto que en la actualidad el total de animales ronda los 200 burros y fue incluido en el año 1997 en la categoría de “razas en peligro de extinción”. Existe un Programa de Conservación, a carg de técnicos de la Universidad Autónoma de Barcelona en colaboración con la asociación "SOO…Grupo para la Conservación y el Fomento del Burro Majorero”.

Especial interés tiene la cochinilla, insecto que vive y se desarrolla sobre las hojas de la tunera, que llegó a estar protegido por una ley de 1827. Empleado en la confección de tintes, ahora en competencia con los tintes artificiales, su obtención tiene menos importancia.

De entre las aves marinas destacan la pardela, el chorlitejo grande, el chorlitejo gris, el correlimos y la garcela. Los moluscos más abundantes son los mejillones, los burgaos, las canaillas y las lapas, ahora en veda dada su sobreexplotación.

Fuerteventura es la cuarta región natural a nivel mundial en cuanto a endemismos florísticos se refiere, donde perviven plantas de la Era Terciaria que han desaparecido de la mayor parte del planeta. Debido a la baja altitud de la isla, los vientos alisios no descargan su humedad, por lo que no existen en Fuerteventura bosques como en las islas más altas. La aulaga es una de las especies más comunes, además de espinos, matamoros y rama. El verode, las tabaibas y los cardones representan los elementos más puros de la que se supone fue la formación original. Las palmeras y tarajales, casi los únicos representantes arbóreos de la vegetación autóctona, están ligados al cauce de los barrancos y el fondo de los valles.